第1集
不满兄长游手好闲
佐藤是擅长于生化袭击的日本恐怖分子，与东非的恐怖分子在香港进行交易，但最后双方的谈判破裂收场并引发枪战，商场顿时变作战场。
休班警员庄有杰正好处身商场内，处变不惊的他更单枪匹马与叁名东非恐怖分子在商场枪战，最后成功保护市民及击退恐怖分子。
香港反恐部门「ATF」成员锺日嘉在家观看新闻，得知商场枪战与恐怖分子有关后，动身赶往现场。有杰与日嘉相遇，并对ATF充满兴趣。
有杰被邀协助调查
有杰被ATF总指挥官沉志敖传召到ATF总部作供，在日嘉与有杰的帮助下，ATF成功以电脑搜寻出东非恐怖分子的资料。
叛逃剧照
有杰在ATF的任务急流勇退后，便到沙田剧场探望母亲
有杰虽明白母亲的苦心，但也只得敷衍过去便独自离开。有杰在街上遇见其兄庄有正打架闹事，身为警察的有杰出手阻止，并且警告有正别再做坏事令淑芬伤心，但有正却未有加以理会。
兄长有正加入黑帮
原来有正离家后加入了黑社会头目
黑狗命有正执行此任务，有正在沙田剧场遇上佐藤，两人一碰面便即场大打出手。工作中的淑芬欲制止有正杀死佐藤，佐藤伺机溜之大吉，淑芬亦因受惊送院。
前往医院探望母亲的有杰得知淑芬入院是和有正有关后，为兄长变得不近人情之事感到忿忿不服。
众人围捕恐怖分子
ATF掌握到佐藤的藏身地点，ATF除空群出动外，更派特种部队前往地点打算拘捕佐藤。另一方面，有正因杀害佐藤的行动失败而被黑狗哥毒打。过后有正得知黑狗哥正在部署大规模的犯罪行动。
赛场当中兄弟相遇
ATF得知佐藤来香港目的，原来是为了在龙舟赛事中刺杀来访的日本政要，便在龙舟赛的会场设下周密布防。黑狗亦指派有正等一众手下，要求他们分别将叁个旅行袋带入会场。
有杰因为代表警方参加比赛而遇见有正，有杰觉有正行踪可疑便决定跟踪。当有杰在公厕发现有正的时候，会场门外竟然发生炸弹爆炸……
叛逃第2集剧情
淑芬得知有正身分
黑狗指示有正等人放置到会场内的旅行袋藏有计时炸弹并发生爆炸。而有杰见兄长的情况有异，便打算即场拘捕有正却被逃脱。另一方面，东非恐怖分子与黑狗联手劫持解款车并打劫银行。
大义灭亲追捕兄长
ATF发现会场的其他计时炸弹，宏亮负责拆除计时炸弹。当有正逃脱后，有杰向志敖报告有正是炸弹狂魔，并与他们一路追捕有正。当有正与同党逃走后，便打算在郊外与黑狗会合。
追捕有正的有杰看见眾人，决定独自驾车尾随有正。但有杰却被东非恐怖分子枪伤，并抢其货车逃走。有正看见弟弟受伤被擒，躲入车底跟随他们离开。
银行被劫原因复杂
ATF翻查银行失窃保险箱的登记资料，发现登记人竟然就是佐藤。当ATF打算出发寻找失去联络的有杰时，重案组的长官出现并指是次行动中已有同伴潜伏在敌人当中。
為救弟弟一夫当关
东非恐怖分子驾车进入一货仓内，有正发现情况极危急，便以手提电话向ATF通风报信。ATF率眾赶到现场与东非恐怖分子发生枪战，最后有正及ATF成员成功救出有杰。亦得知有正是重案组派去监视黑狗的卧底探员。黑狗已死，有正亦可以回復其警员身分。
有正被邀加入ATF
有杰知道兄长的真正身分后，便為自己一向不信任有正而感到愧疚，但有正并没有放在心上。
兄弟一路到医院探望淑芬，淑芬得知真相后如释重负。有正回到工作岗位后，便打算申请休假，这时志敖却传召有正到ATF总部见面，邀请有正加入ATF。有正在ATF总部遇上了日嘉，亦被她的魅力所吸引。
叛逃第3集剧情
杰对日嘉产生好感
有杰自从在ATF的行动中遇上日嘉后，便对她一见如故。有杰一向找机会与日嘉加深认识却苦无机会。其后有杰得知ATF正招募新力量，亦得到ATF长官
有正支持有杰应考
有正回家与弟弟有杰及母亲淑芬一路生活，有正亦告知淑芬自己即将接受ATF的训练。有正发现有杰有意报考ATF，亦从旁支持。有杰成功取得加入ATF的资格，并且与有正一路入营接受ATF的训练。
淑芬得知有正及有杰决心加入ATF感到不高兴，但是淑芬亦明白难以阻止两人的决定，便只好留下纸条及护身符，以此祝福两人能够平安完成训练回家。
为追日嘉使用病毒
ATF的训练营齐集了警界各部门的年轻精锐，身为ATF成员的日嘉亦因教授电脑骇客技术一科而进入营地。有杰因为对日嘉抱有好感，故此在课堂及平日见面时显得格外紧张。
另一方面有正虽然同样对日嘉有意，但却比有杰更为自动，有正甚至利用病毒木马程式邀请日嘉约会，令日嘉感气结。
日嘉撞破兄弟犯规
在训练营的生活既辛苦又刻板，有正便决定带同有杰一路偷偷离开营地到外面用膳消遣。然而二人却在餐厅与
日嘉即将离开训练营，故此有正及有杰均想把握机会，希望在夜晚到日嘉的房间向其表达谢意，但最后却被志敖发现阻止。
有正有杰营内喝酒
有正为了亲自送别日嘉，便决定在课堂完结后赶到营地门前，但最后亦是慢了一步。有正观察日嘉的座驾，知道日嘉出身于富贵人家。有正虽然明白自己的对象与自己有所距离，但并没有令他放弃追求日嘉的念头。
在日嘉离开后，有正和有杰亦继续在训练期间违反纪律，并偷偷在营地饮酒，终于被志敖发现，两人亦得知自己将会受到处分而感到忧心……
叛逃第4集剧情
日嘉自动接近有正
有杰及有正為了追求日嘉，便利用网络搜索有关日嘉的资料。当有杰得知日嘉有喝咖啡的习惯后，独自在ATF的餐厅等待日嘉出现。
另一方面，有正凭着日嘉的车牌资料，及警署当中的相关的文件纪录，成功查出了日嘉的住所，并且在其大门前守候。日嘉看见有正出现在自己家门前，不由对有正提起了兴趣。
志敖轻判有正兄弟
有正及有杰因為屡次违反命令，有机会被志敖赶出训练营。高威得知后不由出言劝戒。高威指有正虽然充满才干但难以控制，并非是ATF理想的人选。
有正及有杰準备接受处分却获得轻判，有正明白应有人私下為二人求情。
為讨欢心製作短片
有杰為了夺得日嘉的欢心，决定在网络上收集日嘉的照片，并製作成短片以表达爱意。另一方面，日嘉因為对有正產生了兴趣，便利用ATF的电脑搜索有正的位置，并亲自出门寻找有正。
為救队友考试失败
叶婷关於ATF训练营的报道面世后，志敖觉得有正将ATF的机密外传加以责骂，令有正感到不满。
有正及一眾训练生进行野外训练，大岳在训练时不小心失足堕崖，有正及有杰见状便下山救援，有正却因此训练分歧格。大岳见有正為自己负起了所有责任，从而对有正改观。有正亦得到全部ATF训练生的尊敬。
训练生正男成绩包尾，却突然出言请求有正教他如何偷走出营，有正及一眾训练生担心正男，便决定与正男一路偷走。
有正叶婷成為朋友
有正等人到酒吧消遣散心，酒吧却发生殴斗事务。有杰见义勇為与流氓大打出手，终被警察拘捕带回警署。
有正及有杰在警署重遇叶婷，有正因為自己偷走犯事，担心叶婷会借机大肆报道，想不到叶婷答应不会出卖他们，有正与她也因此成為了朋友。
眾人回到训练营即被志敖处罚，正男更因此被逐出ATF。有正及有杰感志敖处罚过严，便决定為正男出头，找志敖理论。
叛逃第5集剧情
有正衝动身陷险境
众训练生得知正男被志敖逐出ATF的真正原因，有正及有杰得知自己错怪了志敖。
志敖刻意挑选有正及有杰进行特训，兄弟两人除被囚禁在冷冻库内，有正更被安排清理狗场，令有正感到自己被志敖针对。高威见有正气愤难平好言相劝，亦难以改变有正对志敖的偏见。
有杰不知自己失恋
有杰在偶然的机会下发现日嘉的铃声与短片的音乐相同，便以为日嘉对自己有意，却不知根本没有收到短片的日嘉，其实已经心繫有正。
有正与日嘉已经发展至情侣关系，但是两人却没有对外公开恋情，故令有杰仍然继续单恋着日嘉。
有正出言挑战志敖
有正因为在课堂上迟到被志敖责骂，有正终于向志敖表示不满。志敖见自己的权威被挑战，决定带一众训练生外出受训。众人看见训练的危险度甚高而感惊讶，志敖身先士卒的向众人作示范。
看见志敖的英勇表现，登时令一众训练生对志敖生出尊敬之意。有正见状不忿，在好胜心的驱使下，紧随志敖以后冒险完成危险训练。
收拾心情专心训练
正男自从被逐出ATF后便变得颓然若失，有正看不下去便亲自找高威求情，希望高威能让正男完成ATF的训练课程。高威过后便向志敖建议此事，终令志敖接受正男回训练营完成ATF的训练。
因正男一事，有正兄弟终对志敖稍为改观，两人更决定在训练期间服从志敖的教导，并用心完成ATF的训练。十星期快将过去，有正一行人亦终于完成ATF的最后测试，并等待正式成为ATF的一分子。
紧急出动拯救人质
有正及有杰等人突然接到下级的命令出动，原来有恐怖分子入侵了别墅，并且胁持了屋内的住客作为人质，有正及有杰被编入同一队，并且经由通风口潜入别墅内。
有正在潜入期间发现人质，并发现人质即将被匪徒枪决，志敖指示要求有正待机。有正见人质危在旦夕，便决定无视命令现身将匪徒击倒，但结果反令自己身陷险境。
叛逃第6集剧情
家扬受审判囚七年
不依指示兄弟被责
ATF突然要求训练生出动进行反恐任务，原来是志敖的安排，目的就是为ATF的选拔进行最后的测验，有正及有杰因为急于拯救人质而罔顾下级命令。
当得知事务是志敖安排的测验后，感到不忿的有正便出言与高威及志敖理论，但两人皆表现得不以为然，令有正及有杰感到入选机会渺茫。
日嘉得知有正在测试时与志敖争论，便藉故慰问有正，并且暗中帮有正试探志敖心意，但却毫无收穫。
有正有杰齐被取录
ATF的一众训练生齐集总部，并等候选拔结果，有正及有杰竟然成功入选，有正及有杰振奋不已，而有杰亦因为有机会与日嘉共事而感到高兴。
ATF情报组的仁美心知有杰对日嘉有意，便出言支持有杰，但此情此景却被路过的高威撞破。
有正及有杰入职当日，有正被安排加入情报组与日嘉仁美等人一路共事，有杰则被安排进入行动组并直属高威指挥，有杰对此安排感到不满，却未能让高威改变决定。另一方面，有正在情报组中与日嘉朝夕相对。
叶婷借机套取情报
南韩政要将来港参预会议，叶婷靠其人际关系打听到重要情报。在返回出版社的途中，叶婷遇上有正，知道他已经成功入选ATF，借机加深认识，希望日后能从他身上获得ATF车载斗量的情报。
叶婷是
目标人物被杀灭口
ATF得知南韩政要来港，同时激进的韩农组织亦会来港示威，令ATF决定加强搜查。
宏亮和有正被指示前往货柜场检查货物，却因为大意错过重要线索，令南韩恐怖分子成功将偷运的货物带走。志敖成功锁定一位可疑人物，并指挥有杰及其他行动组成员加以追捕。
叛逃第7集剧情
叶婷疑与恐怖分子交易
南韩恐怖分子一案的重要证人被杀害，令ATF的调查陷入困难。ATF以电脑调查南韩的出入境纪录，发现南韩知名的恐怖分子已经潜藏在香港，令志敖肯定其来港目的就是在韩农示威期间趁机刺杀南韩政要，因此便派遣有正及宏亮对恐怖分子进行跟踪。
有正进行任务期间，却发现为了前来商场与恐怖分子进行交易的叶婷。虽然叶婷成功欲盖弥彰进行交易，但是有正却凭直觉怀疑叶婷，于是借故拦截叶婷，叶婷虽成功蒙混，却担心自己已经成为ATF的调查目标。
叶婷查知Edmond罪证
叶婷在与南韩恐怖分子进行交易时，发现Edmond与军火商暗中联络，怀疑Edmond借任务谋取私利。她暗地里将Edmond的手机资料复製一份，并交给骇客作出分析，终成功发现Edmond出卖组织的证据。叶婷将此事告知剑亨，但剑亨闻言后表露出闪缩的表情。
另一方面，有正自从上一次的跟踪行动后，怀疑叶婷与恐怖分子有所关连。而南韩恐怖分子亦已取得Edmond所安排的军火。
未能示爱有杰失望
有杰一向想表现自己的调查能力，务求能尽快加入情报组工作，因此死心不息地继续在枪击现场进行调查。
有杰与日嘉倾谈后，有感日嘉对自己製作的示爱短片毫无印象，回总部大堂查看，才发现短片原来从未交付到日嘉手上，事与愿违。
为避嫌疑提供情报
南韩政要到港参与高峰会议，叶婷为阻止Edmond和南韩恐怖分子的血腥计划，便假借组织的身分向恐怖分子提供假情报以拖延时间，更借机跟踪恐怖分子，发现他们收藏军火的巢穴。
叶婷打算离开，却被一向跟踪自己的有正抓个正着。叶婷见形势危急，便向有正告知恐怖分子的藏身处，并要求有正放走自己。
叛逃第8集剧情
取得罪证交给有正
南韩恐怖分子成功被ATF一网打尽，有正所提供的重要情报功不成没，同时令志敖对有正掌握南韩恐怖分子情报一事感到好奇。
有正满腹疑问秘密约会叶婷，叶婷便以提供情报作為条件，希望有正保守秘密。叶婷与剑亨因為Edmond出卖组织一事而发生争论。
未能表白有杰后悔
有杰对加入情报组一事一向死心不息，并且独力為ATF进行调查，终於找到能够匯报给情报组的线索，并且亲自向日嘉及志敖报告。有正知道有杰的心事，便承诺会帮有杰争夺加入情报组的机会。
有杰与旧朋友到酒吧消遣，因此撞破叶婷与有正见面，亦令有杰误会两人是情侣关系。
翌日，有杰与淑芬出外购物，巧遇正在约会的有正及日嘉，才令有杰得知两人的情侣关系，有杰相当悔恨，未有及时向日嘉表露心意，并且将问题归咎於自己未能加入情报组失去先机。
叶婷提议剑亨淡出
叶婷自从发现Edmond出卖组织后，便一向加以疏远，并且劝好友乐敏要重新考虑与Edmond的关系。但乐敏对组织的事情一窍不通，因此并没有将叶婷的劝告放在心上。
另一方面，Edmond因為被组织指责，故迁怒於向组织告密的剑亨，并且口出恶言加以警告，叶婷看在眼里，便借机提议剑亨放下工作并淡出组织，剑亨对此表示保留。
盗取罪证有正告密
叶婷為了保护剑亨，便指示骇客帮忙盗取Edmond电脑中的资料。叶婷取得Edmond与恐怖分子交易的证据后，便将证据亲手交给有正，并希望有正能对情报的来源保密。
有正以后以匿名信的方式将Edmond的犯罪情报告知ATF，令ATF锁定Edmond是恐怖组织「惊鸟」的成员加以调查。
Edmond得知自己被警方盯上，认為剑亨向警方告密，二人闹翻。叶婷突然收到Edmond来电，从他口中得知自己亲生父亲的死与剑亨有关，叶婷為了确定真相，便前往Edmond的家打算问个究竟，却发现他伏尸家中。
叛逃第9集剧情
不满礼谦干预私事
叶婷发现Edmond在家中突然死亡，便跟随警方一路到医院协助调查，经医生检验后，证实Edmond是服食过量毒品死亡，乐敏闻言后即泣不成声。
由于Edmond突然死亡，令ATF调查「惊鸟」的唯一线索被切断，有正惟有向在桉发现场出现的叶婷加以盘问。剑亨从叶婷口中得知Edmond死讯感到相当吃惊，便提议叶婷先到外国留学，自己则暂停退休计划为组织善后。
有正承认匿名告密
根据Edmond的犯罪纪录，ATF成功破获与Edmond有合作关係的军火商人，并以测谎机加以盘问，但是军火商人却显然对「惊鸟」的事情一窍不通。
志敖有见及此，便认为所有线索已经间断，终决定结束对Edmond的调查，过后有正决定向志敖承认自己就是寄出匿名信的告密者。
有正日嘉相约旅行
乐敏终于回到出版社工作。而叶婷决定出国留学，在离开前特地与有正见面告别。有正见Edmond一桉已经完结，便打算与日嘉一路出外旅行散心，更拜託有杰帮自己预备船票。
为免难堪取消行程
有正到日嘉的住处作客，遇见了日嘉的父亲锺礼谦。礼谦是经营製药公司的富商，对日嘉与有正拍拖一事，表面上没有意见，但实际上却是极之反对，并认为有正根本配不上自己的女儿，特地约见有正并劝他放弃追求日嘉。有正不想让日嘉感到难堪，惟有自行取消预定行程，并且向有杰为此事诉苦。
日嘉得知礼谦所为，便出言反抗礼谦，并斥责有正竟然选择放弃自己，有正闻言后道歉，并承诺与日嘉共同进退。
叶婷发现乐敏滥药
叶婷从外国回港处理移居的文件，与有正见面互诉近况。叶婷见乐敏还未恢复过来，便听从剑亨的意见搬到乐敏的家暂住，以陪伴乐敏一路生活。
就在叶婷独自到酒吧探望朋友时，竟然查出乐敏与Edmond一样也有服食毒品的习惯。
叛逃第10集剧情
告知叶婷杀害Edmond
叶婷得知乐敏隐瞒自己滥药后，便找乐敏对质，终令乐敏承认自己滥药，并告知叶婷自己不会再犯，但此事已勾起了叶婷对乐敏的疑心。
叶婷发现自己的手提电脑出现故障，便找其骇客朋友帮忙修理，竟发现电脑正被骇客程式侵袭，而攻击叶婷电脑的人正身处乐敏的家。叶婷乘乐敏不为意的时候在她的电话中加装偷听器，才因此发现原来乐敏一向遵从剑亨的命令监视自己。
阴谋被揭剑亨病发
剑亨原来与Edmond有秘密的合作关系，而乐敏是剑亨用来监视Edmond及叶婷的间谍。叶婷得知幕后黑手是剑亨后便决定与之对质。
叶婷独自回家后故意将手机给乐敏查看，令乐敏发现剑亨竟打算出卖自己，一气之下便跑到剑亨的家与之对质，此时乐敏才惊觉自己中了叶婷的计。
叶婷揭穿剑亨的真面目后伤心欲绝，而剑亨也因受到打击而心脏病发，叶婷不忍见剑亨痛苦，便报警将剑亨送院治理。
日嘉幸福有杰不快
叶婷回家后冷静情绪，并决定要彻查自己亲生父亲死亡的真相。为了完成计划，叶婷便决定放弃留学，并留在剑亨身边继续为组织工作。乐敏过后亦向叶婷坦白一切，但叶婷却没有因此原谅乐敏。
另一方面，有正带日嘉回家与淑芬见面，淑芬一见未来媳妇便感到相当高兴，反观有杰却显然感到心事重重，眼见有正与日嘉暗送秋波，一脸幸福的样子，令有杰更感到不是味儿。
车站避雨单独相处
有杰自从知道日嘉与有正拍拖后，便开始变得孤僻，就算行动组的同僚邀约也不为所动。
一天有杰发现日嘉因为车胎爆裂而被困路中，便出手帮助日嘉，此时下了一场大雨，有杰及日嘉惟有跑到车站避雨，造就了有杰与日嘉独处的机会。
野鸟发狂淑芬受袭
香港各地发生多宗禽鸟突然死亡的事故，令市民皆感人心徨徨，甚至有人认为是世界末日的先兆，但仁美却感到事务可能与生化恐袭有关。淑芬在户外工作时，突然被发狂的野鸟袭击需要送院治疗，有正闻言后即与正杰一路赶到医院探望。
叛逃第11集剧情
剑亨展示惊鸟机密
叶婷查问父亲死亡真相
淑芬被雀鸟无故袭击而送院治理，有正及有杰得知后即时赶到医院探望，并亲自将母亲接回家休养;日嘉得知事务以后，亦特意到淑芬的家中探望。日嘉再次进入庄家，但却发现有杰这次却比前次见面时显得宽容大方，看来有杰已接受日嘉是兄长女朋友的事实。
剑亨努力拉拢乐敏
另一方面，剑亨在手术后康复出院，而乐敏亦前来接送剑亨并问及应如何处置叶婷;剑亨认为叶婷为人重感情，故有信心可以控制叶婷一向留在自己身边。剑亨安排Edmond的录音，并以此来指证Edmond就是杀害叶婷生父的真正凶手;以后为了让叶婷更相信自己，甚至安排人证与她见面。虽然剑亨费了一番努力，而叶婷表面虽然接受剑亨的解释，但心底里还是感到将信将疑。乐敏找剑亨理论，并质疑剑亨将叶婷留在身边的决定;剑亨看出乐敏是担心叶婷会威胁自己的地位，便出言加以安抚。
日嘉遇险有正救人
政府部门在调查雀鸟突然死亡的事务时发现与生化袭击有关，便转介ATF调查;在调查进行期间，ATF竟发现了一所毒气工场。经化验后，发现有关工场所生产的毒气的首要成分是铊毒，而大学的研究所正好发生铊毒的失窃事务。ATF对有关事务的调查对象竟是日嘉的旧同学，故日嘉便独自到研究所进行调查;岂料日嘉的旧同学突然在实验室晕倒并因此引起火警，日嘉亦因为走避不及而昏迷被困火场。幸好有正及时赶到冒险救出日嘉。
日嘉有正关係亲密
有正在日嘉出院后便一向陪伴在侧，而两人的关係亦越来越密不成分;日嘉甚至为了陪伴有正，竟然忽视了由外国特地回港探望父亲礼谦。ATF得知毒气的首要成分是铊毒后，便派员拜访铊毒的权威王教授以索取有关铊毒的资料;同一时间，叶婷亦刚好到大学拜访王教授。原来叶婷的亲生父亲与王教授是旧识，叶婷为了调查有关父亲死亡真相，便特意向王教授查问。想不到当王教授一听见叶婷问起其父亲的过后，即面色大变并转移话题，最终更将叶婷赶走，令叶婷觉得王教授有意隐瞒自己。
禁绝退出被迫製弹
原来毒气事务的幕后黑手就是剑亨，目的就是为恐怖分子提供毒气炸弹杀害中国政要。剑亨指派乐敏指挥这次行动，并安排惊鸟的间谍给乐敏差遣。乐敏看见剑亨的部署，因此感到剑亨重用自己，更下定决心要完成任务领功。ATF进行调查，发现桉件与王教授的助手有关，于是决定向王教授展开调查;王教授见形势不妙，便担心自己帮助惊鸟製作毒气一事败露，欲与惊鸟划清界线，以免影响自己的社会地位。但是惊鸟的间谍为了能如期完成任务，便恐吓王教授要继续完成毒气弹，令王教授感进退失据。
叛逃第12集剧情
发现惊鸟展开枪战
叶婷被间谍挟持
叶婷自从与王教授见面后，便肯定王教授知道其亲生父亲的死亡真相，故决定再次拜访王教授。叶婷被王教授拒诸门外，却因此遇见前来找王教授协助调查的有正;两人相遇后互诉近况，而叶婷见有正突然出现在王教授的工作地点，便估计王教授可能与恐怖活动有关，因此便决定加紧调查，以查探王教授的秘密。
淑芬验出身中铊毒
ATF突然被医管局邀请约见，有正及日嘉便到医院应约;两人到达时，遇到有杰带淑芬到医院检查，原来淑芬自从被野鸟袭击后身体情况便一向变差，甚至被医院要求留院观察。以后医管局向ATF报告情况。原来早前因接触雀鸟而患病的人被验出中了铊毒，因为毒是经过调配，故令一众医生感到一筹莫展。有正在病人名单中发现了淑芬的资料，感到担心不已;志敖得知有正的母亲中了铊毒，便让有正离队探望淑芬，而有正为免淑芬恐慌，便向其隐瞒铊毒的事。有正将母亲验出铊毒一事告知有杰，故有杰便决定留在医院照顾母亲。
叶婷有正交换情报
叶婷因为对剑亨还有怀疑，决定搬到朋友的家暂住，并且继续调查有关铊毒的案件;经过叶婷的追查后，得知医管局将感染铊毒的病人集中在同一间医院，便亲自到医院追查。叶婷在进入医院调查时遇见有正的母亲;而经叶婷领会后，亦确定淑芬感染了铊毒。这时有正出现并打断了叶婷的查问，叶婷最后只好说出自己的意图，并邀请有正与自己合作，结果有正亦将ATF的调查发现告诉叶婷。另一方面，王教授与其助手打算暗地离开香港逃避惊鸟，结果逃亡失败反被惊鸟擒获;他们更挟持了王教授的助手，威胁他交出毒气弹材料。
叶婷协助教授逃亡
叶婷得知ATF正调查王教授，便再次与王教授见面，并向王教授公开自己与惊鸟的关系。王教授为了与惊鸟脱离关系便接受叶婷的提议，并在她的掩护下逃走;惊鸟失去了王教授的踪影，只好改为要胁王教授的助手交出铊毒。虽然助手打算拖延惊鸟以争夺向警方求救，但志敖却因为收到假情报而错失拯救王教授助手的机会。另一方面，叶婷到王教授的酒店取回有关製作铊毒的犯罪证据。
有正捨命拯救叶婷
另一方面，有正和宏亮亦在酒店等候犯人出现，而有正亦终在停车场与惊鸟碰面，惊鸟的间谍取得铊毒后便与有正等人展开枪战。叶婷无辜被捲入枪战中，以后惊鸟为了逃走，而挟持叶婷做人质驾车逃走。有正见状便驾车尾随，最后两车火拼后相撞，幸好有正及时将叶婷救出，才成功保住叶婷的性命，但亦因此被惊鸟的间谍带着毒气弹的原料离开。
叛逃第13集剧情
有正被擒囚禁殴打
叶婷在枪战中被有正救回一命以后，便被ATF安排到医院治理。剑亨得知叶婷因被捲入枪战送院，便紧张得亲自赶到医院探望，乐敏感到叶婷有事隐瞒。
母亲病重兄弟伤心
淑芬的病情日就衰败，令有正及有杰皆感心痛，而淑芬心知自己时日无多，故希望有正和有杰日后能平安过活。
王教授在叶婷的安排下，在一秘密场所躲避惊鸟的追捕。叶婷独自与王教授见面，并且将早前替他收藏起来的犯罪证据交还。王教授终将当年叶婷父亲与惊鸟合作的秘密告知叶婷，令叶婷明白剑亨之前向自己提出大量证据之目的为何。
叶婷建议王教授向ATF自首，王教授为求保命接受提议，叶婷为了查出杀死其生父的仇人，决定要继续调查真相。
修复资料研製解药
王教授向ATF自首并寻求保护，亦将其铊毒的研究资料交给ATF。有正见资料能够让医生研究解除铊毒的方法，便努力进行资料修复，但可惜进展一向未如理想。
看见有正为救母亲费尽心力，最后日嘉决定出手帮助，终成功将档案修复并让医生成功研製解药。
惊鸟得知王教授已经向ATF自首便显得非常紧张，剑亨因此决心要在ATF手上夺回王教授以加快完成毒气弹。
秘密洩漏有正被袭
志敖发现ATF的保安系统发生罕见的故障，便决定利用替身假扮王教授引惊鸟出现。
志敖亦怀疑ATF当中有内鬼，决定暗中命令有正独自带王教授离开。二人顺利到达，想不到计划被洩，惊鸟竟然知道有正的行踪。
惊鸟派出大队人马到安全屋进行突袭，有正发现敌人大军进侵只得向有杰求救，并尝试带王教授逃走。
为阻追兵有正捨己
有杰得知有正被惊鸟袭击，便驾车赶到安全屋支援，但惊鸟的同党火力强大，有正和有杰未能成功击退恐怖分子。
有正见形势不妙，便指示有杰带王教授先行逃离，而自己则留下来拖延惊鸟的追兵，有杰虽然担心有正，但最后亦以大局为重带走王教授。
有正在逃走时被惊鸟的追兵枪伤脚部，动弹不得的有正最后亦被惊鸟的手下挟持带走，惊鸟的手下回到藏身处后，便向有正酷刑毒打。
叛逃第14集剧情
有正被杀日嘉崩溃
有杰成功带王教授逃出安全屋带到ATF的基地，高威才得知志敖的秘密行动。高威得知有正单刀赴会，即时派遣行动组赶到安全屋，却找寻不到有正。
因为王教授遇袭及有正失踪之事，全因志敖的错误决定而起，故令ATF上下都对志敖失去了信心而士气低落。因兄长失踪而心中不满的有杰更出言斥责志敖，志敖无言。
众人落力搜索有正
虽然有正在被囚禁期间，一度找到逃走的机会，但最后亦被截获再次受到毒打，有正的财物更因此被惊鸟的手下抢走据为己有。有杰不甘志敖放弃找寻有正，便利用自己在警界的人脉进行搜索。
而日嘉亦决定向ATF提出休假独自进行搜查，仁美暗中为日嘉提供情报。叶婷利用偷听器调查剑亨的计划，并暗中跟踪剑亨和乐敏，终寻得惊鸟成员的藏身点。
日嘉刻意独自调查
叶婷虽能发现惊鸟藏身点，但却无法找出被囚禁的有正，叶婷离开藏身点寻找骇客，要求骇客帮自己破解藏身点的密码锁，但却因此错过了拯救有正的机会。
惊鸟的手下使用有正的全路通购物，终令ATF找到有正行踪的线索，而仁美亦即时暗中通知日嘉。
日嘉及有杰前往西贡进行调查，而在日嘉调查期间却遇上了前来调查惊鸟藏身点的高威，日嘉表现出对有正的执着故决定独自调查。
叶婷告密阻止惨剧
叶婷找到密码锁的破解方法后，便回到惊鸟的藏身点搜查，即见惊鸟的间谍正对有正拳打脚踢。
叶婷看见此场面大感到错愕，更决定尽快逃走，想不到离开时，叶婷却因此与返回到藏身点的剑亨碰个正着。
剑亨见叶婷在藏身点出现，第一时间只担心叶婷会被惊鸟的间谍发现，便即时将叶婷赶走。但叶婷却偷偷地折返，并将剑亨的计划告知ATF，令ATF成功阻止惊鸟偷运毒气弹回中国的计划。
有正惨死日嘉崩溃
叶婷决定重新潜入藏身点并打算救出有正，但是这次却被惊鸟的间谍发现。叶婷被人挟持至剑亨面前，但剑亨却没有打算处决叶婷，反而将叶婷与有正一路带走。剑亨指示惊鸟的间谍以视像通讯与ATF联络，在视像期间用手枪击毙有正。
看到有正被人处决的画面，在ATF的日嘉因此精神崩溃，而ATF的所有成员亦即时赶到现场搜索，但是最后却连有正的尸体也找不到。
叛逃第15集剧情
ATF搜捕惊鸟间谍
有正被杀后，剑亨便指示手下将有正的尸首丢进海中，并与叶婷和乐敏一路离开。叶婷因为剑亨杀害了有正而悲愤不已，但剑亨却辩称一切也是为了保存叶婷的性命，并指如果叶婷不服从惊鸟，便会招致对方追杀。
ATF方面，因为有正殉职而令整个ATF都瀰漫着一片愁云惨雾，而有杰更因此不敢回家，因自己无法告诉淑芬有正殉职死亡的事实。
高威暗中调查内奸
有杰知道不行一向隐瞒下去，便终鼓起勇气向淑芬坦白一切。有正的殉职除了打击ATF的士气外，亦令志敖被下级停职处分，下属决定将情报组亦转交高威负责管理。
高威指示情报组停止跟进有正失踪的案件，有杰不服并亲自找高威理论，却被高威带到行动组的办公室。
原来高威认为ATF中有内奸出卖情报给惊鸟，故决定暗中召集ATF的精锐对有正失踪一案进行调查，而有杰亦愿意配合高威的秘密行动。
叶婷提出加入惊鸟
因惊鸟的计划被ATF破坏，令惊鸟的间谍未能成功逃离香港而鼓譟，乐敏虽然用尽方法亦未能成功控制场面。
叶婷在有正死后大受打击，却决定继续留在剑亨身边，并且自动向剑亨提出为惊鸟效力。
剑亨看见叶婷的提议没有出言反对，但是乐敏却对叶婷的动机充满怀疑。乐敏更特意在剑亨家中装设监视器，以监视叶婷的一举一动。
有杰鼓励日嘉振作
有杰在有正死后，便独力照顾思念爱儿的淑芬，并且在有正的遗物中发现日嘉与有正经常一路约会的地点。
有杰到达兄长与日嘉约会的地点，果然发现日嘉独自一人在回忆与有正在一路时的日子，原来日嘉一向未能放下有正的死，活在痛苦当中。
有杰见状便出言鼓励日嘉振作，并且为日嘉製作有正的自创饮料加以安慰，日嘉才稍为露出欢颜。
有杰发现惊鸟间谍
惊鸟间谍的不满开始升温，乐敏便安排他们到市区藏身，因此令在重案组工作的正男找到惊鸟间谍的藏身地点。
有杰决定与正男一路搜索，终在一间茶餐厅发现了惊鸟的间谍正研究逃离香港的计划。然而正男的身分因意外败露，惊鸟的间谍发难并枪伤了正男，有杰见状与惊鸟展开枪战。
ATF行动组赶至将茶餐厅包围，惊鸟的间谍见形势不妙便挟持人质与有杰对峙。但有杰认出挟持人质的人就是杀害有正的凶手，因此没有打算弃械投降。
叛逃第16集剧情
代替有正支持日嘉
有杰持枪与惊鸟的恐怖分子对峙，但是恐怖分子却胁持了市民做人质;为了优先保护市民的安全，反令ATF行动组不敢轻举妄动，双方陷入僵局。但是想不到一贯性格保守的有杰却一如既往，竟然掉臂情况冒险向恐怖分子开枪;双方驳火后有杰成功救出人质并枪伤了恐怖分子，但这时有杰却仍然激动不已，欲上前给与恐怖分子最后一枪了却他。看见有杰失去常性，高威即命令众人阻止有杰。
欲代兄职却遭拒绝
ATF将受伤恐怖分子送院治理，经医生诊断，该死佈分子已变成植物人;有杰得知报告后便致电日嘉;日嘉得知对方未死，感慨有正的仇最后也不行昭雪。有杰回家后亦将为兄报仇的事情转告淑芬，但却换来了淑芬的担心;原来她害怕有杰也会像有正一样离开自己。ATF调查组自从有正死后未有填补空缺，有杰亦因为有正的死更想转到调查组，但高威却认为有杰存有私心而一口拒绝。
离港疗伤众人劝阻
有杰发现日嘉一向休假未有回ATF工作，便与淑芬及仁美到日嘉的家探望;众人到达后才得知日嘉打算离开香港，以免勾起对有正一路时的回忆。有杰担心日嘉从此一去不返，出言加以挽留，而淑芬早前亦因为有正的死而意志消沉，便以过来人的身分鼓励日嘉，日嘉受到众人的开解后亦稍为想通。有杰提议日嘉暂时与淑芬同住，好让淑芬能照顾日嘉。日嘉接受了有杰的提议搬到淑芬的家暂住，并到有正的房间思念亡人;日嘉一看到有正的遗物便悲从中来，有杰不忍日嘉伤心出言安慰。日嘉亦紧紧抱住有杰痛哭，看见日嘉对有正记忆犹新，令有杰内心亦百感交集。
剑亨坦言房间秘密
叶婷冒险在剑亨的办公室安装闭路电视，因此发现了剑亨办公室的秘密房间，但却未能成功窃听到剑亨与组织高层的对话内容。叶婷决定在剑亨面前，直斥他对自己隐瞒组织的事，剑亨认为叶婷与自己是同一阵线，便告知叶婷秘密房间的事情，以争夺叶婷对自己的信任;想不到剑亨此举惹起了乐敏的妒忌及不满，但亦无力改变剑亨的决定。受伤的惊鸟恐怖分子在医院接受治疗期间，ATF担心惊鸟会前来灭口，便安排警察进驻医院周密看守。
日嘉发现有杰心意
有杰担心惊鸟会扮医护人员间来行刺，便拜託仁美帮忙调查医院的医护人员资料，因此令有杰成功将可疑人物拘捕。有杰的能力被高威认同，更接受有杰的要求让其加入调查组。日嘉因心情好转而返回总部工作，有杰亦因此称心如意，与日嘉在调查组共事。日嘉自从与淑芬同住后心情已见好转，淑芬见状大感放心;日嘉在淑芬执拾有杰的房间时，发现了有杰以前打算送给自己的示爱短片。日嘉约有杰见面，而有杰亦将有正生前打算送给日嘉的礼物送予她，日嘉因而感动抱紧有杰;有杰暗自决定，要代替有正支持日嘉。另一方面，有正醒来时发现自己身处一个陌生地方⋯⋯
叛逃第17集剧情
有正未死有杰矛盾
有正醒来后发现自己身处内地的医疗设施中，并有医护人员照顾自己，打算强行离开病房返回香港。
叶婷收到了王教授的秘密来信，王教授已在ATF的安排下潜逃至国外生活，信中亦给与叶婷调查生父秘密的线索。叶婷根据王教授的线索调查，赫然发现志敖竟与惊鸟的相关人仕暗中会面，令叶婷对志敖起疑。
叶婷发现伤重有正
叶婷到内地探望有正，原来在有正被杀当晚，叶婷独自折返现场找寻有正的尸体，发现有正中枪后竟然还有气息，通知骇客朋友帮忙偷运有正到内地秘密接受治疗。
日嘉应有杰邀请与淑芬一路外出用膳，这时却适逢礼谦到日嘉的住处拜访。日嘉因為早前礼谦嫌弃有正出身一事餘怒未消，一口拒绝了礼谦的邀请，而有杰亦支持日嘉的决定。
有杰坦白心中爱意
淑芬因家中有事未有出席，因此有杰便与日嘉两人共晋晚餐，日嘉因為遇上礼谦，不由勾起了不快回忆而不竭喝酒宣洩。有杰為了让她回復精神便邀请她到舞池共舞，更在浪漫气氛的带动下与日嘉表白。
有正得知志敖与惊鸟有关系后，便决心回港调查事务的真相。叶婷虽然担心但亦安排有正返回香港。骇客得知叶婷打算送有正回港后，一向担心会惹祸上身。
有正生还眾人激动
有正在叶婷的安排下偷渡回港后，便扮作在郊野昏倒，让行山人士发现报警。ATF收到有正未死的消息便即时赶到医院探望，有杰得知兄长死而復生，感到日嘉将再次离开自己。
乐敏在ATF的内奸口中得知有正尚在人世的情报，令得知此事的剑亨大為震惊，乐敏直指出叶婷出卖组织，但剑亨却不相信。
有杰不满志敖决定
有正出院后，便马上回到ATF重返岗位，高威对有正的事感到相当好奇，但有正為了帮叶婷保守秘密，便决定编故事以隐瞒自己得救的真相。
志敖经过内部调查后，亦成功回到ATF继续担任指挥。志敖得知有正未死，便要求有正转到总部的医疗中间进行治疗并加以详细调查，想不到因此引起了有杰的不满，自此志敖与有杰之间的关系开始恶化。
叛逃第18集剧情
乐敏揭发婷救有正
有正被志敖召回ATF的医疗部进行检查，其目的是要在有正身上调查有关惊鸟的情报。有正在总部与志敖见面，第一时间便向志敖质问有关安全屋位置被惊鸟识破一事。
有正在整理家中的信件时，赫然发现有杰送给日嘉的礼物保养书，令有正得知有杰在自己不在的期间曾对日嘉送礼示好。
有正怀疑志敖忠诚
有杰和眾探员就有正突然生还一事展开调查，有杰因而发现有正一向向ATF呈报假口供，有杰向高威匯报，令高威决定对有正展开调查。
有正為了调查ATF的内奸，更要求日嘉协助以潜入总部的电脑资料库偷取情报。经过一番调查，终让有正发现与王教授见面当日，志敖在有正的公事包中动手脚的片段，令有正加深了对志敖的怀疑。
有杰自动盘问兄长
志敖得知有正的口供有可疑之处后便决定作出调查，有杰為了在志敖面前表现自己的大公至正，便决定自动承担盘问有正的工作。有正感到有杰為了工作竟掉臂兄弟之情。
有杰没有因為被有正的斥责而退缩，甚至带来测谎机对有正进行调查，但有杰此举却引起日嘉的不满。
有正受刑不愿招供
志敖见有杰的盘问一向未有结果，便决定以酷刑迫有正招供。有杰见状便出言劝告有正交代真相，却被有正斥责有杰对日嘉有爱意，才会联同志敖对自己加以折磨，有杰闻言后对有正大感失望，便没有再阻止志敖施刑，差点令有正命丧当场。
日嘉得知有正被志敖酷刑迫供后大為愤怒，并且扬言会一向信任有正，令有杰感到不快。淑芬到总部探望有正，有正趁机暗中以字条指示淑芬与叶婷联络。
叶婷险被剑亨处决
淑芬独自与叶婷见面，叶婷因而知道有正在总部身陷险境。但是叶婷这一次的会面却被乐敏发现，叶婷救助有正一事亦因此被剑亨与乐敏揭发，剑亨打算下手杀害叶婷。
淑芬因為担心有正的安危，便将有正安排的行动及将手上纸条的内容告知日嘉，以让日嘉能帮助有正解困。
叛逃第19集剧情
说服有正再当卧底
当淑芬与日嘉正在商量关于有正的事情时，有杰竟突然回家，两人都认为不适合对有杰提到有正的事，只得尽力蒙混过去。
日嘉按照有正的指示，利用总部的保安系统帮助他逃出ATF的监视，日嘉与有正在会合地点见面，并且出手支开看守的警察，让有正独自进入资料库偷取志敖的犯罪证据。想不到志敖突然在资料库出现，并且以手枪指吓有正，结果两人在资料库中大打出手。
志敖说出内奸作乱
当日嘉再次回到资料库时，已经失去了有正的踪影。志敖将有正带到办公室，原来是要将警务处长的秘密命令告知，就是将有正送入惊鸟做卧底。
由于警方对志敖作内部调查时发现ATF内部存有内奸，早前有正得到有关志敖的罪证，亦是该名内奸的杰作。志敖便决定将计就计，故意与有正发生磨擦。
有正闻言后本来不相信志敖的片面之言，志敖只好将自己年轻时犯下的秘密告知有正，以消除有正对自己的疑虑。
有正答应再当卧底
有正终于答应志敖的要求，想方法加入惊鸟，为自己及警方调查真相。日嘉因为帮助有正逃走而被志敖停职，加深有杰对志敖的不满，同时亦迁怒于一向隐瞒真相的有正。
淑芬担心有杰和有正两兄弟终有一日会反目成仇，而有杰亦没有否定淑芬的担忧。
叶婷的骇客好友因为担心自己会被捲入惊鸟的战斗中，便决定改名换姓潜逃外国，而叶婷亦只能默默地送别好友。
叶婷被袭剑亨抢救
叶婷驾车离开，但却突然在车上昏厥，幸好剑亨在附近出现，叶婷才没有在车祸中丧命。剑亨发现叶婷是被人下毒陷害，便决定质问乐敏。
有正偷偷回家与淑芬告别，并且要求淑芬要对有杰保密，淑芬便使计拖延有杰回家，但有杰机警识破了淑芬的谎言，赶回家中查看时在楼下街道发现了有正的身影。
有杰发现兄长出轨
有杰从后尾随有正，赫然发现有正与叶婷在街上亲热。有杰以为有正一投机取巧，自动将自己看到的情况告知日嘉，日嘉感到相当失望，而她亦因未能与有正联络而感到不安。
志敖得知早前被有杰击伤昏迷的惊鸟成员有甦醒迹象，便决定派员到医院加以保护，并安排转移到其他医院治理。ATF的内奸亦将这重要情报告知乐敏，乐敏就灭口行动进行部署。
叛逃第20集剧情
有杰有正兄弟决裂
志敖与众ATF探员到医院押运刚甦醒惊鸟的成员，以免他被惊鸟灭口。志敖按计划分配人手到各个岗位工作，有杰因为在总部开会时发现宏亮在会议期间偷发讯息，担心宏亮就是内奸便独自进行追踪。
有杰发现宏亮及他的拍档正带疑犯离开志敖指示的地点进入了一间病房之内，有杰见状便立刻进入病房，赫然发现宏亮被人击倒在地。
乐敏自动接近宏亮
志敖盘问宏亮，他指自己被拍档误导，才会不依循志敖的指示将疑犯带到病房，而他亦在进入病房后被拍档从后击晕。
志敖虽然没有再对宏亮加以盘问，但却暗中抽调有杰及仁美等人成立调查小组，专门调查惊鸟的事务，有杰见志敖原来一向委曲求全，便对志敖改观并听从他的命令。
剑亨考核有正忠诚
有正在叶婷的穿针引线下与剑亨见面，并向剑亨提出想加入惊鸟，以对抗警方对自己的追捕，但是剑亨未能信任有正，便要有正潜入ATF总部放置炸弹以表忠诚。
有正闻言后一口答应了剑亨的要求，并与志敖密会并告知他此事，志敖闻言后便决定为有正安排计划。
另一方面，日嘉在街上巧遇叶婷，便上前质问叶婷有关有正的事情。叶婷为了保守有正是卧底的秘密，便与日嘉口角，令日嘉确信叶婷与有正有私情。
潜入总部安装炸弹
乐敏为了帮助有正潜入ATF总部，便到宏亮的家作客。有正假扮送水工人，并凭乐敏带来的用具，成功潜入ATF的资料库放置计时炸弹。
有杰却发现有正身影，感到事态并不寻常便即时通知警察进行搜索，最后有杰在梯间发现逃走中的有正，二人纠缠起来。
有正冒险救出日嘉
志敖见有正展开行动，便施计安排一众探员离开总部，以避免遭炸弹波及，日嘉却不知就里，竟然打算趁机潜入资料库盗取志敖的秘密资料。有正发现日嘉并没有离开总部，于是独自回到资料室欲拯救日嘉，终在炸弹爆发前将日嘉救出。
日嘉打算与有正一路逃走，但是有正为了隐瞒志敖的计划而未有将事实告知日嘉，这时有杰追出欲阻止有正离开，两兄弟以手枪互相对峙。
叛逃第21集剧情
ATF爆炸志敖重伤
有正在ATF总部放置炸弹逃走时被有杰持枪阻止，有正在情急之下向有杰开枪趁机逃走，叶婷亦驾车到ATF总部接应有正。
ATF众人回到岗位后，才得知志敖被爆炸波及受到重伤，ATF的指挥权转交警务处长，再加上有正的背叛，ATF的士气跌至新低点。
日嘉出言质问叶婷
但原来公布志敖受了重伤也是志敖所计划的一步，目的就是为了调查ATF的内奸。
叶婷因为曾被有杰撞破她曾与有正亲热，便被ATF带回总部调查，但是警方高层知道有正的卧底身分，便故意将叶婷放走。
日嘉见叶婷并没有被扣查顺利离开总部，不由得独自截停叶婷质问有正的着落，但是叶婷并没有回答日嘉并迳自离开，令日嘉感气结。
得知真相淑芬失望
叶婷回到报社后便与剑亨对话，并且要求剑亨尽快安排有正加入惊鸟，虽明白叶婷的心意，但剑亨却故意拖延，更私下在心中盘算如何藉故将有正除去。
叶婷外出欲与有正见面却遇到淑芬，并且被淑芬要胁要见有正一面，叶婷拗但是淑芬最后无奈答应。
淑芬与有正见面后，便问儿子是否真的对弟弟开枪，有正坦白承认此事，因此令淑芬感到失望，母子间亦因此决裂，看到母亲对自己的反应，令有正有苦难言。
众人搜查宏亮着落
ATF在总部被引爆后进行调查，终发现有正是利用宏亮的身分进入总部，于是便决定派人寻找宏亮的着落，但却一无所得无功而回。
一贯与父亲礼谦闹反面的日嘉突然出席礼谦的记者会，原来是为了与礼谦单独对话。
有正得知礼谦身分
日嘉与礼谦决裂，就是因为礼谦曾经向剑亨下达杀死有正的命令。礼谦见日嘉因为有正失踪一事而不快，便决定与有正见面，有正得知礼谦的真正身分后亦感愕然。
知道了礼谦身分及有关真相的有正独自到日嘉的家对质，日嘉将自己所知的事情告诉有正，令有正大感愤怒。
日嘉害怕有正会因此离开自己，便哭求有正的原谅，但是有正想起一向以来所发生的事情，令有他难以原谅日嘉。
叛逃第22集剧情
惊鸟杀手袭击剑亨
日嘉明白有正不会轻易原谅自己，要有正先行离开再考虑清楚，有正亦不由因此陷入迷茫当中。叶婷查问有正惊鸟首脑的真正身分，但有正却只将礼谦的事告知叶婷。
叶婷在街上遇见日嘉，日嘉竟然将自己所知道的有关事情全部都告诉叶婷。叶婷听到日嘉的说词后，亦将与有正扮演情人的事告知日嘉，两人因而和解。
剑亨担心叶婷情伤
剑亨得知日嘉与有正的关系后，便担心叶婷会因此受到伤害而希望她自动离开有正，但是叶婷对剑亨表示自己不会放弃有正。
ATF在宏亮家中的闭路电视中发现宏亮被带走的线索，经过调查后怀疑宏亮被人带到礼谦旗下的一间药厂内。
日嘉辞职有杰不捨
为了调查宏亮着落，有杰与同僚一路到药厂调查，礼谦见状便亲自出门迎接。甦醒过来的宏亮亦正好摆脱了惊鸟的束缚并打算逃走。
礼谦同意安排有正加入惊鸟，日嘉决定辞去ATF的职务，指会回到礼谦的公司帮忙，不知内情的有杰为此感到不捨。有正暗中回到ATF总部，并向志敖报告自己所收集到的情报。
叶婷发现剑亨遗书
有正与日嘉见面，并说已原谅日嘉，日嘉大为感动，并希望有正能与自己远走高飞离开香港，但却被有正拒绝。
剑亨因为不胜惊鸟工作的压力而心脏病发入院，而剑亨怕自己突然去世，便指示叶婷在自己死后便到家中找寻其的遗书。叶婷听后便回家偷看遗书，因此得知其亲生父亲的死亡真相。
剑亨出院后，发现遗书被人打开过，便知道叶婷已经知道真相，叶婷对剑亨一向隐瞒事实感到悲愤，而剑亨因而希望叶婷能杀死自己以为其父报仇。
剑亨提出离开组织
最后叶婷念及剑亨一向用心照顾自己终原谅了他，剑亨深受感动，便决定向礼谦辞去惊鸟的工作。
剑亨心知礼谦不会轻易放过自己，便暗地将组织的名单复製一份自保，并且给乐敏一笔现金让其自行逃走。
有杰因为怀疑叶婷而到报社调查剑亨，令剑亨以为叶婷出卖自己。惊鸟杀手亦奉礼谦的命令杀至，叁方势力因此爆发枪战。
叛逃第23集剧情
日嘉刻意与杰约会
剑亨被惊鸟的杀手枪杀后，叶婷想起剑亨临死前仍要求自己回家取回重要物件。回家后却发现家中被人洗劫，当叶婷打算离开的时候，乐敏却突然出现，乐敏欲抢走惊鸟成员名单用以自保，二人因而发生衝突。
有正找到叶婷行踪
叶婷因为杀死了乐敏而感到惊慌，有正找到叶婷并所安抚，更将她带回日嘉的住处暂避。看到有正对患病的叶婷加以照顾，令日嘉感妒忌，但有正却直指是日嘉多心庸人自扰。
有杰在调查中发现剑亨和礼谦有所关连，便再次向礼谦展开调查，因此发现日嘉并没有上班，便决定登门拜访。
日嘉自动约见礼谦
日嘉见有杰突然来访，便自动邀请有杰外出约会，以掩护在日嘉家中寄住的叶婷和有正。两人约会时，有杰却在对话间感到日嘉有事隐瞒自己，更不由勾起了一丝怀疑心。
叶婷留下了字条离开，更出现在礼谦面前，并将惊鸟的名单交出以换取自由，看见已取回名单并没有后顾之忧的礼谦，本想对叶婷晦气，但是日嘉亦在此时赶到。
叶婷结束大智周刊
日嘉出面力保叶婷的性命，礼谦见日嘉态度强硬，亦为了保持自己与日嘉之间的父女情，便决定放过叶婷一命。
叶婷到警局自首，而警方亦因为证据不及而放走叶婷，叶婷为了不让大智周刊的同事捲入斗争当中，便决定将大智周刊结业。
有正及叶婷终接到惊鸟所指派的第一个工作，就是要跟踪一位普通少女，令有正感到百思不解。日嘉得知有正接受了惊鸟的任务后，不由担心有正日后会不行在惊鸟中抽身，但有正却不以为然。
调查药厂发现宏亮
日嘉在礼谦的公司巧遇父亲的心腹DR.KING，感到礼谦将要实行重大计划，便决定暗中进行调查。
日嘉将得知礼谦将有大计划实行之事告知有正，有正知道后便决定独自潜入药厂调查，因此在实验室中发现被礼谦当成试药工具的宏亮。
叛逃第24集剧情
目标人物上日嘉车
有正在潜入药厂调查礼谦的计划时，发现了被惊鸟绑架失踪，原来被当作试药实验品的宏亮。
有正将在药厂发现宏亮的事告知日嘉，日嘉知道礼谦竟然用活人做实验后，便感到他已经走火入魔，亦因此比之前更担心有正的安全。
有杰发现被囚宏亮
日嘉为了找出礼谦计划的全貌，转向从DR.KING方面索取情报。另一方面，有杰早前已对日嘉起疑心，暗中尾随她，更对两人进行窃听。
日嘉成功在DR.KING口中探听出实验室的位置，并即时以电话告知有正，有杰在尾随DR.KING发现被囚禁试药的宏亮。
正当有杰打算出手营救宏亮时，志敖却在此时现身制止有杰独自行动。
有杰得知兄长任务
DR.KING为了研究新药，便对宏亮进行注射，却令宏亮的心跳停止跳动，DR.KING见实验失败，便决定将宏亮的尸体丢弃。
志敖及有杰见机不成失，便趁机将宏亮救出并带返ATF治理，有杰在拯救行动中遇上有正，才得知有正背叛ATF的目的，有杰至此解开了所有心结，并决定全力支持兄长的行动。
有正叶婷出手绑架
日嘉自从知道礼谦正在策划恐怖活动后，便非常担心有正的安全，日嘉更提出，希望有正能放弃惊鸟与自己一路私奔。
但有正却继续协助礼谦，并且接受礼谦所安排的下一步行动，便是与叶婷一路将目标少女绑架带回。
有正及叶婷表面上是要完成任务，但暗中故意让礼谦的目标逃走，日嘉因为发现了礼谦的计划，思前想后下决定出手阻止，便驾车到目标所在的学校寻找有正。
想不到目标少女在情急之下竟逃到日嘉的车上，惊鸟的手下见状便上车胁持少女，并要求日嘉开车逃走。
礼谦决定软禁日嘉
日嘉与有正等人回到药厂后即被礼谦斥责，因为礼谦发现日嘉的车牌在学校的闭路电视中曝光，令日嘉成为了ATF的调查目标。
看见计划可能会出现危机，愤怒的礼谦为了不让日嘉再次有机会破坏自己的计划，便决定将日嘉软禁在药厂内。另一方面，有杰向少女的家人进行调查，发现少女的亲生父亲就是病毒学的权威教授。
叛逃第25集剧情
ATF发现恐袭地点
礼谦绑架少女的目的，就是要威胁其父病毒学的权威教授帮自己研究新药，以让自己在香港进行生化袭击时能牟取暴利。教授為了保护女儿的性命，决定帮助礼谦完成他的生化武器。
另一方面，有正及叶婷假借照顾人质，亦成功在人质口中估计出礼谦的真正目的。
礼谦得到教授帮助，终成功完成生化武器及其解药，看到一切的準备完成，礼谦决定即时进行散布生化武器的计划。礼谦亲自安排人手及进行指挥，而有正及叶婷亦被礼谦选中参与行动。
日嘉劝告礼谦回头
另一方面，日嘉成功以自己的电子技术逃出了房间，并在礼谦的小我电脑中发现生化武器的数据资料。
礼谦回到办公室，并将放置在保险箱中，载满了生化武器的计时炸弹交给手下进行任务，日嘉亦顺利赶及在礼谦进入办公室前回到牢房中。
日嘉把握最后的机会劝礼谦回头，但是利慾薰心的礼谦已经打定主张，并决心在香港散布病毒，以完成其成為救世主的野心。
叶婷拒绝放置炸弹
志敖见时机已经成熟，便重新回到ATF，重掌指挥权带领部下对付惊鸟。ATF凭着有正身上的发讯器，成功找到恐怖分子的行动路线，志敖便即时派员支援有正。
恐怖分子与有正及叶婷潜入商场，并且安排叶婷及有正分开行动，并要两人分别拿着一个计时炸弹放到商场的通风系统中，以图将病毒经由通风系统散布开去。
叶婷拒绝并打算逃走，但最后却被恐怖分子挟持带走，当有正得知袭击计划后亦拒绝了恐怖分子的要求。
炸弹爆炸病毒四散
有正逃出后，便指示商场的保安疏散人群，同时志敖派来的援军亦全副武装来到商场，并协助商场疏散人群。
叶婷被恐怖分子带到商场天台，并与计时炸弹绑在一路被吊起来。有正及有杰赶到天台，见到叶婷被胁持便挺身与恐怖分子进行枪战。
有正及有杰最后虽然合作将恐怖分子全数击杀并救回了叶婷，但是却阻止不到炸弹爆炸，而病毒气体亦随通风系统散布於整个商场，有正及叶婷亦担心自己受到病毒感染。
礼谦发现逃亡日嘉
有正等人及商场的市民被ATF安排到医院接受检查，竟然发现身体一切正常，并没有受到生化武器感染。
礼谦亦在新闻报道中得知事务无人受到病毒感染，便赶回药厂调查，发现日嘉及人质已经在礼谦不在时逃走，而电脑上的重要数据亦被人全数删除。
礼谦意想到可能是日嘉在炸弹上做手脚，才令计划失败，日嘉成功逃走后，便回到自己的家收拾母亲的遗物，却因此被礼谦发现并截获。
