沿续上一季的剧情，穆德被印第安人朋友Albert Hosteen救了性命。X档案的编剧似乎有用不完的点子。这季内容包括了湖中水怪、能控制人意识的精神病患、唐人街上的纷争、二次大战时日本的人体实验等等。

到这季开始时，X档案已是家喻户晓的科幻影集了。虽然仍被某些人认为太过偏激，但在金球奖艾美奖纷纷获得肯定。第四季仍是过去一贯的风格，但加入了许多穆德、史考莉的个人生活。在该季中，“黑油”“天花蜂”的出现使有关“真相”的调查…

負責維護布拉達郡內治安的警長，聽聞自己的轄區出現了某種前所未見的神祕生物，牠螫伏在人煙稀少的農地，卻不時有人目睹牠詭異面目的訊息傳來。警長起初不以為意，情況卻逐漸越演越烈…。當地一對夫婦的憑空蒸發，似乎和這生物脫不了關係…

当地球被敌对的外星势力攻击时，一个小镇的消防员和一个流氓的SETI科学家联手启动了唯一能够打败入侵者的技术。

艾伦·Meneric因为一场残忍的复仇谋杀而被送进精神病院。在那里，他被迫与病重和危险的人打交道，直到作为一个社交项目的一部分，他被转移到最低安全级别，在那里他遇到了米亚，一个美丽的双相女性囚犯。曾经被他的过去困扰，艾伦寻求他…

洛杉矶警署重案组仍然为Brenda Leigh Johnson的离去感到惋惜和不安，他们意识到现在Raydor警长（Mary McDonnell）是他们的头了。和他们的前任「老板」不同，Raydor倾向于使用「以团队为中心的目标管理模式」，与她的手下人一起分担责任，…

金发美女Brenda Leigh Johnson是一位从亚特兰大调职到洛杉矶的警察局副局长，Brenda所在的部门是LAPD主要处理一些引人注目非常敏感的谋杀案，在这个男性的领域，站在最高峰的Brenda会怎样收服一群骁勇善战的手下？又是怎样让这些骄傲的…