这部电影以一个遥远的太空殖民地为背景，熟练的控制者和安全专家奥利维亚负责殖民地的控制室，与她的同事阿洛一起确保社区的安全和福祉。　　但是当殖民地被外星生物包围时，奥利维亚必须迎接挑战，保护她的家。

在参拜母亲坟墓的回程途中，真嗣（绪方惠美 配音）和葛城美里（三石琴乃 配音）遭遇了第七使徒的攻击，关键时刻2号机势如破竹挫败对手，真嗣也由此结识了2号机的操纵者式波·明日香·兰格蕾（宫村优子 配音）。与沉默寡言的绫波丽（林原…