江湖医生大梦在云游途中搭救了被山贼打劫的名医孟长天之女孟秋水，并随她来到了玄远镇，此时的玄远镇正被一种莫名的疾病笼罩，镇上众多百姓都染上了类似风寒的病症，却无药可医。

某日，小新（矢岛晶子 配音）在河堤上捡到了一瓶神秘的液体，把它带回家放在了冰箱里。哪知道美伢（楢桥美纪 配音）和广志（藤原启治 配音）在无意之中将其喝下，隔天竟然变异成为了动物。之后，一个神秘的环保组织SKBE掳走了小新一家人…