该动画讲述的是由4只基因突变的乌龟所组成的忍者团体，并得到斯普林特师父的忍术训练和指导的故事。他们住在纽约曼哈顿的下水道，夜间出动，打击街头犯罪、邪恶势力和外星入侵，同时他们始终和外界社会保持距离。

故事以16岁的暗行忍者阴守护为主角，眼镜片很厚，行动呆头呆脑的他怎么看都不像个身手好的忍者。不过事实上，阴守家世代担任着保护绀若家的工作，原因是将军不希望好吃的蒟蒻从他手中失传，因此命令阴守一家人保护制作蒟蒻的绀若家！阿护…

将施奈德回老家之后，四只原本亲如兄弟的神龟由于没有了敌人，于是不再想以往一样一起战斗，而是各自在喜欢的领域内钻研，以往一起行动的忍者神龟们变成了四个独来独往的“独行侠”！ 这时，纽约市中发生一连窜的怪事。原来实业家马克西…

在打败了长久以来的劲敌、终极反派史莱德之后，神龟们也开始面对“成长的烦恼”了，他们不再一起战斗，而是开始专注于自己喜欢的领域，成了四个形单影只的“独行侠”。这种情况让他们的恩师斯普林特异常担心，对于他来说，最重要的就是和…

平凡的学生实际上是忍者的后代，由此展开一系列的冒险故事。

故事一开始，就把一个噪杂错综的环境引入了一个两岁儿童的世界。少年杀人犯杜昆，是在一个完全不知事的状况下，爸爸因赌博而杀人的事实，使他从两岁就背上了杀人犯狗崽子野种的恶名。十年后，当这个孩子上到小学四年级的时候，他觉得自己…