大大的脑袋，顶着三根头发，普通人家的小孩三毛原本拥有幸福的童年，然而战争却让他沦为无依无靠的孤儿。没有父母的孩子连黄狗、乌鸦都欺负得，危难时刻他得到了善良的打鱼老伯的救助，体会到了久违而短暂的幸福。好景不长，恶霸抢走他们…

秦奋在梦里醒来，发现自己已置身于民国的某间豪宅，身上还穿着上实验课时的防护服，而身前站着一个鬼鬼祟祟的身影，他起身一看，是一个身材肥硕的小偷，正在试图撬开他从2020年的实验课上带回来的小药箱。经过一番对峙，秦奋稳住了小偷，…

三毛流浪记动画片讲述了：讲述了孤儿三毛的辛酸遭遇。在解放前的上海，三毛没有家，无家可归，衣食无着。吃贴广告用的浆糊，睡在垃圾车里。为了生存，他卖过报，拾过烟头，帮别人推黄包车，但总是受人欺侮，但他挣到的钱连吃顿饱饭都不够…